目前，冬虫夏草市场良莠不齐、无序经营等隐患也须引起广泛关注，作为名贵药材的冬虫夏草目前尚属于农副产品范畴，按照传统的模式销售，实在有欠规范，很有必要予以规范，杜绝恶意炒作行为，否则，冬虫夏草这一传统的并具有一定特色的朝阳产业的可持续发展将难以为继。
从近年来市场上对保健食品宣传情况来看，推出的很多新品以冬虫夏草为主要原料，且大肆渲染冬虫夏草所谓的"神奇功效"以及稀有珍贵。冬虫夏草滋补对象广，男女老少皆宜，被人们视为无病强身、包治百病的"仙草"。
消费者对冬虫夏草保健作用认识的误差，也加大了对产品的需求，对其价格上涨起了推波助澜的作用。在这样的背景下，商家热衷于囤积冬虫夏草，有些其他行业的商家也"改门换庭"，炒起了冬虫夏草。
对于冬虫夏草的产量，一直没有准确的数据，业内一般使用的是交易量。多年来，冬虫夏草的年交易量都保持在80～150吨之间，以平均价格每公斤15万元计算，市场规模在120亿元以上。从目前交易的情况来看，市场规则的约束力正逐渐减弱，每到采摘季节过去之后，一些产地再也无冬虫夏草可收，收购商便开始囤货。
就今年而言，冬虫夏草减产已成定局。与去年相比，藏区冬虫夏草减产三成，而去年比前年也已减产五成，给了许多商家炒作的空间，压货以期获取更高利润。过度采挖，加上无序经营，势必会使冬虫夏草市场出现恶性竞争的。
从出口来看，虽说国家对冬虫夏草出口长期实行《濒危物种出口允许证》管理措施，每年都严格核定冬虫夏草出口数量，以合理有效地控制出口数量。但是，由于冬虫夏草是一种极具潜力的出口商品，非法出口现象相当严重。许多不法商贩采用夹带、藏匿、伪报等方式逃避"出口允许证"，将大量冬虫夏草通过南方口岸销往中国香港及东南亚。据业内人士保守估算，每年非法出口的冬虫夏草高过2万公斤，这一数字是正常冬虫夏草出口数量的近10倍。
业内人士表示，这种混乱的无序经营的局面应当尽早根治，企业应该通过自身的力量规范冬虫夏草的市场，否则后患无穷。
