原料药行业的一些领域由于进入门槛低，一些企业为追逐利润，往往采用规模效应，扩大产能，压缩成本，这就导致了产供严重失衡，最终使企业失去价格的话语权，由此陷入被动局面。这是当前很多原料药企业普遍面临的困境。
而另一方面，原辅料、水电煤运等成本依然维持在高位，使医药生产成本不断升高。近几年，原料药企的人工费用（五险一金）持续上涨，对企业的运营也造成了较大的压力，环保和地方财政贡献率等压力越来越突出。同时，GMP的改造也加重了企业的成本压力，一些产品的经营问题十分严峻。例如激素类产品的重要原料黄姜被游资囤积炒作，价格连连上阿涨，由于没有其他可替代原料，企业叫苦不迭。
此外，我国医药产品自主创新能力较弱，主要靠低成本进行国际竞争，造成行内互相厮杀，结果是两败俱伤。
由于我国原料药企业多头出口，无序竞争，产品不特，大而不强，在国际主流市场的主导地位越来越弱。
而主要竞争对手印度，实力没有我们强，从业人员比我们少，但由于有政府扶持，行业发展很快，近年来大有赶超我国之势。印度利用我国内外销产品的价格差（外销产品价格低于内销产品），低价从我国进口优质原料药，再加工成下游产品后与我国进行竞争。同时，印度发挥政府扶持优势，在技术水平上逐渐与我国企业拉开档次，抢占国际市场。为此，业界普遍担心，在未来数年，我国原料药业将面临来自印度的巨大压力。
到目前为止，我国制药工业97%都是仿制药，制药企业不是在某一点上发展自己独特的优势，而是什么赚钱干什么，这是很严重的问题。
